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温州医科大学开设专业：生物医药工程、眼视光技术、眼视光医学、医学影像学、临床医学、康复治疗学、麻醉学、中医学、临床药学、精神医学、预防医学、护理学等。
重点专业
国家特色专业建设点：临床医学、眼视光学、医学检验、药学。
浙江省重点（建设）专业：临床医学、眼视光学、医学检验、护理学、麻醉学、药学、生物技术、生物医学工程、预防医学、医学影像学。
浙江省“十二五”优势专业：眼视光学、医学检验、临床医学、药学、护理学。
国家临床重点专科：小儿呼吸、精神科。
省一流学科B类：生物医学工程、护理学、中西医结合、公共卫生与预防医学、基础医学、口腔医学。
温州医科大学所含专业
| 学院 | 专业 |
| 眼视光学院、生物医学工程学院 | 眼视光医学（5+3一体化） |
| 眼视光医学 | |
| 生物医学工程 | |
| 眼视光技术 | |
| 第一临床医学院、信息与工程学院 | 临床医学（5+3一体化） |
| 临床医学 | |
| 医学影像学 | |
| 信息管理与信息系统 | |
| 第二临床医学院 | 儿科学 |
| 麻醉学 | |
| 中医学 | |
| 康复治疗学 | |
| 临床医学（5+3一体化） | |
| 药学院 | 临床药学 |
| 药学类（含药学、中药学、生物制药专业） | |
| 精神医学学院 | 精神医学 |
| 应用心理学 | |
| 检验医学院、生命科学学院 | 医学技术类（包含医学检验技术、卫生检验与检疫专业） |
| 生物技术 | |
| 公共卫生与管理学 | 预防医学 |
| 公共管理类（包含公共事业管理、社会劳动保障） | |
| 口腔医学院 | 口腔医学 |
| 护理学院 | 护理学 |
| 护理学（中美合作） | |
| 护理 |