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2020年南京医科大学临床医学（5+3一体化）、临床医学（儿科医学）（5+3一体化）、临床医学、医学影像学、儿科学、口腔医学（5+3一体化）专业的学费为7480元/年。
南京医科大学学费各专业收费标准
| 专业名称 | 学制 | 学费 |
| 临床医学（5+3一体化） | 5 | 7480 |
| 临床医学（儿科医学）（5+3一体化） | 5 | 7480 |
| 口腔医学（5+3一体化） | 5 | 7480 |
| 临床医学 | 5 | 7480 |
| 医学影像学 | 5 | 7480 |
| 儿科学 | 5 | 7480 |
| 精神医学 | 5 | 6800 |
| 眼视光医学 | 5 | 7480 |
| 放射医学 | 5 | 6800 |
| 口腔医学 | 5 | 7480 |
| 预防医学 | 5 | 6800 |
| 基础医学 | 5 | 6800 |
| 法医学 | 5 | 6800 |
| 临床药学 | 5 | 6800 |
| 医学影像技术 | 4 | 6800 |
| 医学检验技术 | 4 | 6800 |
| 康复治疗学 | 4 | 6800 |
| 眼视光学 | 4 | 6800 |
| 生物信息学 | 4 | 5500 |
| 智能医学工程 | 4 | 6800 |
| 生物医学工程 | 4 | 5800 |
| 卫生检验与检疫 | 4 | 6800 |
| 应用统计学（生物统计学） | 4 | 5500 |
| 药学 | 4 | 6800 |
| 护理学 | 4 | 6800 |
| 公共管理类 | 4 | 5200 |
| 英语 | 4 | 5200 |
学费数据来源：南京医科大学2020年外省分省分专业招生计划（http://zs.njmu.edu.cn/2020/0721/c3498a175585/page.htm）