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2020年新疆农业职业技术学院理工类专业：3300元/年·生，文科类专业：2900元/年·生，财经类专业：3000元/年·生，英语类专业：3500元/年·生；高校校企联合办学专业：6800元/年·生；应用型本科专业收费标准按照联合培养本科院校标准收取。
新疆农业职业技术学院专业设置情况
| 园林科技学院 | 园林工程技术 |
| 食品营养与检测 | |
| 园艺技术 | |
| 植物保护与检疫技术 | |
| 食品加工技术 | |
| 风景园林设计 | |
| 生物科技学院 | 种子生产与经营 |
| 化工生物技术 | |
| 药品生产技术 | |
| 农产品加工与质量检测 | |
| 药品质量与安全 | |
| 环境工程技术 | |
| 经济贸易学院 | 会计 |
| 物流管理（农产品方向） | |
| 市场营销 | |
| 酒店管理 | |
| 会展策划与管理 | |
| 电子商务 | |
| 老年服务与管理 | |
| 民政管理 | |
| 动物科技学院 | 畜牧兽医 |
| 宠物养护与驯导 | |
| 动物防疫与检疫 | |
| 动物医学 | |
| 畜牧兽医（现代马产业技术） | |
| 畜牧工程技术 | |
| 信息技术学院 | 计算机网络技术 |
| 计算机应用技术 | |
| 软件技术 | |
| 物联网应用技术 | |
| 广告设计与制作 | |
| 数字媒体艺术设计 | |
| 工程学院 | 建筑工程技术 |
| 工程造价 | |
| 水利工程 | |
| 汽车检测与维修技术 | |
| 机电一体化技术 | |
| 农业装备应用技术 | |
| 电气自动化技术 | |
| 国际合作学院 | 商务英语 |
| 会计（国际方向） | |
| 商务管理（中亚贸易方向） | |
| 会计（中外合作） | |
| 建筑工程技术（中外合作） | |
| 计算机软件技术（中外合作） |
学费依据来源：新疆农业职业技术学院2020年招生章程
（https://gaokao.chsi.com.cn/zsgs/zhangcheng/listVerifedZszc--infoId-2715631371,method-view,schId-685.dhtml）