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2020年南京特殊教育师范学院根据经江苏省物价部门核准的标准按学年收取费用，文科类专业学费5200元，理科类专业学费5500元，工科类专业学费5800元，医学类专业学费6800元，艺术类专业学费6800 元；体育类专业学费5300元；嵌入式培养专业在原科类学费基础上增收2300元/学年。
南京特殊教育师范学院专业设置
| 院 | 特殊教育（师范） | 本科 |
| 小学教育（师范） | 本科 | |
| 手语翻译 | 本科 | |
| 学前教育学院 | 学前教育（师范） | 本科 |
| 康复科学学院 | 康复治疗学 | 本科 |
| 应用心理学 | 本科 | |
| 教育康复学（师范） | 本科 | |
| 音乐学院 | 音乐学（师范） | 本科 |
| 舞蹈学（师范） | 本科 | |
| 语言学院 | 英语（师范） | 本科 |
| 汉语言文学（师范） | 本科 | |
| 数学与信息科学学院 | 教育技术学（师范） | 本科 |
| 计算机科学与技术 | 本科 | |
| 数学与应用数学（2018年新增专业） | 本科 | |
| 管理学院/残疾人事业管理学院 | 公共事业管理 | 本科 |
| 美术学院/阳光学院 | 美术学（师范） | 本科 |
| 视觉传达设计（2018年新增专业） | 本科 | |
| 服装与服饰设计（主要招收残疾人大学生） | 本科 |
学费数据来源：南京特殊教育师范学院2020年招生章程（https://gaokao.chsi.com.cn/zsgs/zhangcheng/listVerifedZszc--infoId-2731435892,method-view,schId-956.dhtml）