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教育部直属高校有中国政法大学、中央财经大学、华北电力大学、南开大学、天津大学、上海外国语大学、复旦大学、华东师范大学、东华大学、上海财经大学等。
各省教育部直属高校
| 地区 | 高校 |
| 北京24所 | 清华大学 |
| 北京大学 | |
| 中国人民大学 | |
| 北京交通大学 | |
| 北京语言大学 | |
| 中央戏剧学院 | |
| 中央美术学院 | |
| 北京科技大学 | |
| 北京化工大学 | |
| 北京邮电大学 | |
| 中国农业大学 | |
| 北京林业大学 | |
| 中国传媒大学 | |
| 北京师范大学 | |
| 中央音乐学院 | |
| 对外经济贸易大学 | |
| 北京中医药大学 | |
| 北京外国语大学 | |
| 中国地质大学(北京) | |
| 中国矿业大学(北京) | |
| 中国石油大学(北京) | |
| 中国政法大学 | |
| 中央财经大学 | |
| 华北电力大学 | |
| 天津2所 | 南开大学 |
| 天津大学 | |
| 上海8所 | 上海外国语大学 |
| 复旦大学 | |
| 华东师范大学 | |
| 东华大学 | |
| 上海财经大学 | |
| 华东理工大学 | |
| 同济大学 | |
| 上海交通大学 | |
| 重庆2所 | 重庆大学 |
| 西南大学 | |
| 辽宁2所 | 大连理工大学 |
| 东北大学 | |
| 吉林2所 | 吉林大学 |
| 东北师范大学 | |
| 黑龙江 | 东北林业大学 |
| 江苏7所 | 南京大学 |
| 东南大学 | |
| 中国矿业大学 | |
| 中国药科大学 | |
| 河海大学 | |
| 江南大学 | |
| 南京农业大学 | |
| 浙江 | 浙江大学 |
| 安徽 | 合肥工业大学 |
| 福建 | 厦门大学 |
| 山东3所 | 山东大学 |
| 中国海洋大学 | |
| 中国石油大学 | |
| 湖北7所 | 武汉大学 |
| 华中科技大学 | |
| 武汉理工大学 | |
| 中南财经政法大学 | |
| 华中师范大学 | |
| 华中农业大学 | |
| 中国地质大学(武汉) | |
| 湖南2所 | 湖南大学 |
| 中南大学 | |
| 广东2所 | 中山大学 |
| 华南理工大学 | |
| 四川4所 | 四川大学 |
| 电子科技大学 | |
| 西南交通大学 | |
| 西南财经大学 | |
| 陕西5所 | 西安交通大学 |
| 长安大学 | |
| 西北农林科技大学 | |
| 陕西师范大学 | |
| 西安电子科技大学 | |
| 甘肃 | 兰州大学 |
14所部省合建学校
为了得到国家在资金和政策上的更大支持，中西部14所高校在行动。2013年，最早列入省部共建的郑州大学、贵州大学以及山西大学、河北大学、南昌大学、云南大学、海南大学、青海大学、西藏大学、内蒙古大学、广西大学、宁夏大学、新疆大学、石河子大学等中西部14所高校共同成立了“中西部高校综合实力提升工程入选高校协作联盟”，协作联盟的秘书处常设在贵州大学，简称“Z14”。